1964 Op 31 oktober legt Ds. Willem Tom (1901-1977) de eerste steen voor het kerkgebouw dat wordt gebouwd naar een ontwerp van W. Ingwersen van Architectenbureau C. van der Bom en W. Ingwersen (Amsterdam). De stijl is geïnspireerd door het ontwerp van de kapel 'Notre Dame du Haut' van Le Corbusier (Charles-Édouard Jeanneret-Gris, 1887-1965), in het Ronchamp (Frankrijk).

1965 De firma Bernard Pels & Zoon ontwerpt het orgel onder advies van Piel Kiel (Bussum). Aardig Alphens detail: de firma's Pels en Van Leeuwen fuseerden in 1964. Aart de Haan (die vanaf 1969 organist zou worden in de Salvatorikerk) werkzaam bij Pels en Joop Schellingerhoudt (organist van de Maranathakerk) werkzaam bij Van Leeuwen bouwen het orgel op in een kerkgebouw dat op dat moment nog volop in de afbouwfase verkeert.

Op donderdagavond 16 december wordt middels een kerkdienst de Goede Herderkerk in gebruik genomen. Organisten tijdens deze dienst zijn: Piet Kiel Sr. (de orgeladviseur), Koos Haasbeek en Bert Langeveld.

1977 Er bestaat behoefte het orgel uit te breiden. Op verzoek van de commissie van beheer vraagt dhr. Tobé, als lid van de kerkmuziekcommissie, de firma Pels & Van Leeuwen (Waardenburg) na te denken over mogelijkheden daartoe. De firma Pels & Van Leeuwen komt met een voorstel. Dat wordt niet verwezenlijkt.

80-er jaren In deze periode vindt op enig moment verhoging van winddruk en her-intonatie plaats waardoor het orgel wat sterker van klank wordt.

2007 Schoonmaak en her-intonatie door de firma Pels & Van Leeuwen ('s Hertogenbosch). Bij deze gelegenheid wordt de winddruk verlaagd en worden er twee zogenaamde 'dubbeltrekkers' geplaatst. Bij de oplevering in 1965 waren de Octaaf 2' (hoofdwerk) en Quint 2 2/3' (borstwerk) niet als 'zelfstandig' register te gebruiken. Bij deze gelegenheid is de voorziening aangebracht dat wanneer de Mixtuur voor de helft wordt opengetrokken, alleen de 2' uit dit register klinkt. Ditzelfde geldt voor de Sesquialter van het borstwerk: wanneer deze voor de helft wordt opengetrokken komt alleen de 2 2/3' tot spreken. Op zondag 3 juni vindt na de ochtenddienst, door middel van een korte bespeling door de organisten Gerrit Bosch (1943-2012) en Sybren Brons, de her-ingebruikname plaats.