Voor de aanschaf en plaatsing van een orgel wordt Henk Kooiker als orgeladviseur in de arm genomen. Dat leidt ertoe dat de firma Van Vulpen (Utrecht) het Courtain-orgel* uit de in 1999 gesloten Gereformeerde kerk van Suawoude restaureert en overplaatst naar de Maranathakerk. Bij deze gelegenheid wordt het orgel voorzien van een zelfstandig pedaal. 

1999 Op zondag 22 augustus 1999 wordt weer voor het eerst dienst gehouden in de Maranathakerk. De gemeentezangbegeleiding geschiedt op het Van Vulpen-orgel dat is overgenomen uit de Kruiskerk.